Existe algumas versões para o texto de João 1:1, as mais populares são:

“No princípio, era o Verbo, e o Verbo estava com Deus, e o Verbo era Deus.” (Versão Almeida)
“O Logos [ou o Verbo] era divino.” (A New Translation of the Bible) “O Verbo era deus.” (The New Testament in an Improved Version)
“O Verbo estava com Deus e era da mesma natureza que ele.” (The Translator’s New Testament)
No princípio era a Palavra, e a Palavra estava com o Deus, e a Palavra era [um] deus.(Tradução do Novo Mundo das Escrituras Sagradas).

Para entendermos porque existem essas diferenças de traduções, devemos recorrer à gramática grega, grego coiné ou grego comum, o idioma em que todo o novo testamento foi escrito e no qual suas versões mais antigas estão disponíveis para nos hoje.
Em João 1:1 ocorre duas vezes o substantivo grego the•ós (deus). A primeira ocorrência se refere ao Deus Todo-poderoso, ou seja, o Pai, com quem a Palavra estava (“e a Palavra [lógos] estava com Deus [uma forma de theós]”). Este primeiro theós é precedido pela palavra ton (o), uma forma do artigo definido grego que aponta para uma identidade distinta, neste caso o Deus Todo-poderoso (“e a Palavra estava com o Deus”).
Por outro lado, não existe artigo antes do segundo theós, em João 1:1. Assim, uma tradução literal seria “e deus era a Palavra”.

Mas muitas versões a traduzem de modo diferente da mais conhecida e não fazem uma tradução literal, porque fazem isso?

Essas traduções usam palavras tais como “um deus”, “divino” ou “semelhante a Deus” porque a palavra grega θεός (the•ós) é um substantivo predicativo no singular, ocorrendo antes do verbo e sem ser precedido pelo artigo definido. Trata-se dum the•ós anartro (substantivo sem artigo). O Deus com quem a Palavra ou o Logos estava originalmente é designado aqui pela expressão grega ‛ο θεός, isto é, the•ós precedido pelo artigo definido ho. Trata-se dum the•ós articular. A construção articular do substantivo indica uma identidade, uma personalidade, ao passo que um substantivo predicativo anartro no singular, precedendo ao verbo, indica o atributo ou o predicado de alguém. Portanto, a declaração de João, de que a Palavra ou o Logos era “[um] deus”, “divino” ou “semelhante a Deus” não significa que era o Deus com quem estava. Apenas expressa certo atributo da Palavra ou do Logos, mas não o identifica como o próprio Deus.

Portanto, a segunda ocorrência da palavra deus não esta sendo usada para identificar a palavra como sendo propriamente Deus, mas sim dando um atributo ou qualidade de deus.

Mas ainda resta um questão, ao passo que identificamos que a palavra deus na sua segunda ocorrência da atributos e não identifica a palavra, o artigo indefinido (um) não é encontrado na grego original coiné, porque então algumas traduções a colocam ali?

A língua grega coiné tinha artigo definido (“o”), mas não tinha artigo indefinido (“um”). Assim, quando um substantivo predicativo não é precedido por artigo definido, pode ser indefinido, dependendo do contexto.
Podemos observar isso em outros exemplos onde o artigo indefinido “um” foi inserido para dar o real significado do texto:

Atos 28:6 – E eles esperavam que viesse a inchar ou a cair morto de repente; mas tendo esperado já muito, e vendo que nenhum incômodo lhe sobrevinha, mudando de parecer, diziam que era um deus.
Notamos que em atos 28:6 o artigo indefinido UM não se encontra no orignal, nem poderia, pois como falado o artigo indefinido UM não existe no grego coiné, mas foi inserido antes da palavra deus para dar o real significado do texto, pois no relato os moradores da ilha não estavam identificando o apostolo como sendo Deus, mas sim o QUALIFICANDO como sendo um, devido a não ocorrência da sua morte quando foi mordido por uma cobra venenosa.

Outros exemplos em que os tradutores bíblicos inseriram o artigo indefinido “um” em textos para dar o real significado do texto são facilmente encontrados.

Conclusões:
Concluímos então que inserir o artigo indefinido “um” em textos para dar o real significado dele não quebra nenhuma regra de gramática ou de tradução, mostramos com exemplos práticos que realmente quando o contexto exige o tradutor se vê obrigado a inserir.
Também concluímos que traduzir João 1:1 para “e o Verbo era Deus” leva o leitor leigo ao erro, pois em grego o sentido do texto é qualitativo e não esta sendo usado para identificar o verbo como a tradução mais conhecida faz, sendo assim qualquer tradução que corrige esse erro e faz uma tradução que qualifica o verbo é a mais correta, como “um deus” já usado em outros textos.

Tal situação começou a melhorar a partir do quarto século, onde surgiu copistas profissionais exclusivo para copiar e traduzir textos bíblicos, note que a situação melhorou, mas não foi resolvida, erros ainda eram feitos, e tais erros se juntou com os erros já existentes de séculos de copias feitas por não profissionais. Alem dos erros comuns que se origina ao fazer copias manualmente, nessa época ainda surgiu outra forma de “erros”, que na verdade não eram erros, mas sim adulterações propositadas dos textos, tais adulterações eram feitas por motivos teológicos. Como existia vários grupos que se auto intitulava cristãos, mas com doutrinas diferentes, eles adulteravam a bíblia para apoiar suas doutrinas, ou fazer que a doutrina do grupo oposto não encontrasse apóio em determinados textos. O caso mais famoso dessas adulterações era o de Marcião, ele simplesmente “corrigia” os textos da bíblia retirando tudo que não apoiava as doutrinas dele, e ate mesmo excluía cartas inteiras da bíblia.

Portanto depois de séculos e séculos de copias feitas manualmente onde ocorriam erros e adulterações propositais e sem a disposição dos originais que já estavam perdidos, se desenvolveram milhares de copias em diversas partes do mundo, podendo se dizer com certeza que nenhuma copia é 100% igual a outra. Hoje temos quase 6 mil manuscritos da bíblia, no idioma grego koine no qual os originais foram escritos e traduções do grego koine para o latim, siríaco, copta e em menor numero outras.

Com um montante tão grande de manuscritos e diferenças entre eles de textos igualmente grande, se fez necessário usar métodos já conhecidos e ate mesmo desenvolver outros métodos para chegar se não no original, o mais próximo do texto original, escritos pelos apóstolos, esses métodos ou ciência se chama critica.
No decorrer dos últimos 400 anos muitos avanços foram feitos para que o mais próximo dos originais se chegasse, temos agora um texto muito bom da bíblia, mas ainda não se pode dizer que são 100% iguais aos que os apóstolos produziram, e nenhum erudito bíblico garante isso, mesmo porque não existe acordo entre os eruditos bíblicos de qual texto seria o melhor, as pesquisas e discutições ainda se mantém viva, mas sabemos que dificilmente vão chegar a um acordo, portanto cabe cada um analisar os textos produzidos pelos eruditos e decidir qual lhe convém usar.